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Curiculum vitae

Contact

  • Levy BATISTA
  • 29 ans
  • Nancy - France
  • moc.atsitabyvel@yvel

Contact

  • Levy BATISTA
  • 29 years old
  • Nancy - France
  • moc.atsitabyvel@yvel

Profession

Ingénieur de recherche et Docteur
Depuis Novembre 2014
  • CYBERnano : CRO en analyse numérique de données biologiques.
  • CRAN : Thèse en identification de systèmes dynamiques au sein du centre de recherche en automatique de Nancy - Université de Lorraine - Soutenue en Décembre 2017

Profession

Research Engineer and PhD
Since November 2014
  • CYBERnano : CRO in digital analysis of biological data.
  • CRAN : Thesis in system identification in the laboratory : centre de recherche en automatique de Nancy - Université de Lorraine - Defended in December 2017

Domaines de compétences

Identification de modèles à effets mixtes
  • Modélisation avec une approche dite de population avec prise en compte d'effets fixes et d'effets aléatoires
  • Maîtrise en profondeur des algorithmes EM (Expectation Maximisation) et SAEM (Stochastic Approximation Expectation Maximisation) pour l'estimation des paramètres individuels, de population et leurs incertitudes
  • Tests statistiques pour la comparaison de groupes
Identification des systèmes dynamiques
  • Formulation et estimation des paramètres liant les données d’entrée/sortie expérimentales
  • Modélisation de type boîte noire ou boîte grise avec incorporation de connaissances sur la physique du système
  • Maîtrise de l’ensemble des boîtes à outils Matlab d’identification : SID et CONTSID
Traitement de signal
  • Extraction de l’information de signaux temporels continus ou discrets
  • Analyse spectrale paramétrique, non-paramétrique
  • Estimation des paramètres de modèle type AR, MA, ARMA
Bio-automatique
  • Modélisation et contrôle des systèmes biologiques sous l’angle de la théorie des systèmes
  • Implication dans les différents processus de la biologie integrative du plan d’experience, à la validation d’hypothèses en passant par l’analyse des données et la modélisation mathé- matique des phénomènes biologiques
  • UE de biologie suivie durant le M2, balayant chaque aspect de la biologie, biochimie, trans- duction du signal, métabolisme, et physiologie
Modélisation statistique
  • Maîtrise de l’estimation dans le cadre statistique classique (fréquentiste) et dans le cadre bayésien
  • Maîtrise d’interprétation énergétique (Moindres carrés) et interprétation probabiliste (Maxi- mum de vraisemblance)
Plan d’expériences et analyse de données expérimentales
  • Conception de séries d’expériences dans le but de déterminer les relations entre les facteurs et la réponse du système
  • Plans de criblage, pour trouver les facteurs influents parmis l’ensemble des facteurs en un minimum d’expérience
  • Plan pour l’analyse des effets et modèles de surface de réponse
Optimisation
  • Maîtrise de l’optimisation Statique contrainte ou non contrainte, ainsi que le cas des pro- blèmes convexes ou discrets
  • Maîtrise de l’optimisation dynamique, programmation dynamique
Ingénierie système
  • L'ingénierie système permet une vision transdisciplinaire synthétique et globalisante des systèmes
  • Interopérabilité collaborative avec les ingénieries spécialistes
  • Maîtrise du cycle en V de l’analyse du besoin au retrait du service

Compétences téchniques

English
HTML
Arduino
After Effect
Final Cut Pro
In-Design
git
R
Illustrator
Français
CSS
Latex
MYSQL
C#
Javascript
C++
Premiere Pro
PHP
Photoshop
Matlab
NodeJS
Shiny
Objective-C

Field of competence

Dynamic system identification
  • Determination and estimation of parameters linking the input to the output
  • Blackbox or greybox modeling integrating physics knowledge on the system
  • Use of identification tools such as : Matlab toolbox SID and CONTSID
Signal processing
  • Extraction of information from continuous or discret signals
  • Parametric or non-parametric spectral analysis
  • AR, MA, ARMA parameter estimation
Bio-automatic
  • Modeling and control of biologic systems
  • Enrollment in the process of integrative biology
  • Biology courses during my master degree to sweep biology from biochemistry, to physiology
Statistic modeling
  • Estimating process in the framework of classical statistique (frequentist) and in the bayesian framework
  • Energy of error minimisation (Least squares) and likelihood maximisation
Design of experiments
  • Planning a minimum of experiments allowing to define the relationship between inputs and outputs
  • Screening plan in order to find influential factors
  • Effect analysis plan et surface response models
Optimisation
  • Static optimization with or without constraint, convexe problems and discret problems
  • Dynamic optimization, and dynamic programmation
System engineering
  • System engineering allows a transdisciplinary and overall vision of systems
  • Interoperability collaborative with specialist engineers
  • Knowledge of the V cycle from need analysis to retirement
Mixed effects model identification
  • Population approach modelling with fixed effects and random effects
  • Deep understanding of EM (Expectation Maximisation) and SAEM (Stochastic Approximation Expectation Maximisation) algorithms for estimation of individual parameters, population parameter and their uncertainty
  • Statistical test for group comparaison

Technical skills

Shiny
C++
Illustrator
MYSQL
R
After Effect
Matlab
git
C#
English
In-Design
Arduino
Objective-C
Photoshop
Final Cut Pro
NodeJS
CSS
Premiere Pro
Latex
Français
Javascript
HTML
PHP

Formation

Doctorat Automatique, Traitement du Signal et des Images, Génie Informatique
  • Identification de système dynamiques linéaire à effets mixtes
  • Soutenue en Décembre 2017
Master (ISC) Ingénierie des systèmes complexes
  • Parcours : Formation à la carte en Recherche Domaines : Identification, traitement de signal, biologie
  • Projet : Méthodes d’identification dédiées à l’analyse de réponses d’impédance cellulaires Tuteur : Thierry Bastogne Labo. d’accueil : CRAN - SBS

Formation

PhD Automatique, Traitement du Signal et des Images, Génie Informatique
  • Dynamical linear mixed effects model identification
  • Defended in December 2017
Master degree (ISC) System Engineering
  • Research training Fields : System identification, Signal processing, biology
  • Project : Identification of cell response by impedance measurement Tutor : Thierry Bastogne Lab. : CRAN - SBS

Expérience professionnelle

Stagiaire technicien supérieur en électronique et informatique
E.C.M, Brabois-Nancy, France - mars - juin 2011
  • Développement d’une plateforme de test simulant un trafic routier en générant des signaux électriques imitant le comportement de capteurs piezo-électriques
Job d’été technicien chauffagiste,
E.G.S.M, Sarreguemine, France - juillet - aout 2010
  • Entretien, Installation, Dépannage de chaudières et chauffes-eau
Job d’été en reprographie
C.M.S copy multi service, Brabois, France - juillet - aout 2009
  • Tirage de plans, Edition de dossiers d’appel d’offre, Livraison
Job d’été Plaquiste
- juillet - aout 2007 – juillet - aout 2008
  • Cloisonnement et Disposition des éléments de cloisons sèches

Professional experience

Internship as a technician in electronic and informatique
E.C.M, Brabois-Nancy, France - march - june 2011
  • Development of a benchmark for testing trafic jam recording machine working with piezo-electrics sensors.
Summer job as heating installer
E.G.S.M, Sarreguemine, France - july - august 2010
  • Maintenance, Instalation, troubleshooting of boiler
Summer job in reprography
C.M.S copy multi service, Brabois, France - july - august 2009
  • Plan printing and delivery
Summer job, plasterer
- july - august 2007 – july - august 2008
  • Partitioning Layout and bulkhead fitting

Publications

2018

Article dans une revue

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Lévy Batista, Thierry Bastogne, Annie Delaunois, Jean-Pierre Valentin, Franck Atienzar. A novel statistical signal processing method to estimate effects of compounds on contractility of cardiomyocytes using impedance assays. Biomedical Signal Processing and Control, Elsevier, 2018, 45, pp.202-212. ⟨10.1016/j.bspc.2018.05.038⟩. ⟨hal-01621227⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01621227/file/BSPC_UCB12.pdf BibTex

Brevet

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Thierry Bastogne, Levy Batista, Bruno Chenuel, El-Hadi Djermoune, Pauline Guyot. Procédé d'obtention d'une mesure de référence normale personnalisée de l'activité respiratoire d'un sujet et appareil de détection personnalisée de la respiration de Cheyne-Stokes. France, N° de brevet: FR3080984A1. BioSiS; BIGS. 2018. ⟨hal-02410731⟩
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2017

Communication dans un congrès

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Pauline Guyot, Levy Batista, El-Hadi Djermoune, Jean-Marie Moureaux, Leo Doerr, et al.. Comparison of compression solutions for impedance and field potential signals of cardiomyocytes. Computing in Cardiology, CinC 2017, Sep 2017, Rennes, France. ⟨hal-01544642⟩
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Pauline Guyot, Pascal Voiriot, Stéphane Papelier, Levy Batista, Thierry Bastogne. A comparison of methods for delineation of wave boundaries in 12 Lead ECG. Safety Pharmacology Society 2017 Annual Meeting, SPS 2017, Sep 2017, Berlin, Germany. ⟨hal-01669454⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01669454/file/Poster_SPS_Cardiabase_Cybernano.pdf BibTex
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Liang Guo, Mike Furniss, Levy Batista, Thierry Bastogne, Yan Zhuge, et al.. Assessing functional and structural cardiotoxicity in cultured human iPSC-cardiomyocytes in a single plate format. Safety Pharmacology Society 2017 Annual Meeting, SPS 2017, Sep 2017, Berlin, Germany. ⟨hal-01669498⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01669498/file/2017%20SPS_LG%20Final.pdf BibTex
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Levy Batista, Thierry Bastogne, Franck Atienzar, Annie Delaunois, Jean-Pierre Valentin. A data-driven modeling method to analyze cardiomyocyte impedance data. Safety Pharmacology Society 2017 Annual Meeting, SPS 2017, Sep 2017, Berlin, Germany. ⟨hal-01670012⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01670012/file/Poster_SPS_UCB-Cardio_v1.pdf BibTex
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Levy Batista, Bérangère Bastien, Thierry Bastogne, Philippe Erbs, Johann Folope. Analysis of in vivo responses by mixed-effect models. 8th International Meeting on Statistical Methods in Biopharmacy, SMB 2017, Sep 2017, Paris, France. ⟨hal-01544653⟩
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Levy Batista, Yaël Kolasa, Thierry Bastogne. i-Cellulo: a SaaS platform for the automatic statistical analysis of cell impedance signals. 8th International Meeting on Statistical Methods in Biopharmacy, SMB 2017, Sep 2017, Paris, France. ⟨hal-01670076⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01670076/file/Poster_SMB_i-Cellulo_v1_landscape.pdf BibTex
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Levy Batista, Bérangère Bastien, Thierry Bastogne, Johann Foloppe, Philippe Erbs. Analysis of in vivo responses by mixed-effect models reference. 8th International Meeting on Statistical Methods in Biopharmacy, SMB 2017, Sep 2017, Paris, France. ⟨hal-01670100⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01670100/file/Poster_SMB_Transgene_v3_landscape.pdf BibTex
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Levy Batista, El-Hadi Djermoune, Thierry Bastogne. Identification of dynamical systems population described by a mixed effect ARX model structure. 20th IFAC World Congress, IFAC 2017, Jul 2017, Toulouse, France. ⟨hal-01544656⟩
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Poster

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Levy Batista, Leo Doerr, Matthias Beckler, Niels Fertig, Thierry Bastogne. Coupled impedance & field potential data analysis of in vitro cardiomyocyte assays. Safety Pharmacology Society 2017 Annual Meeting, SPS 2017, Sep 2017, Berlin, Germany. 2017. ⟨hal-01669436⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01669436/file/Poster_SPS_Nanion_Cybernano_Cardio_v2.pdf BibTex

2016

Communication dans un congrès

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Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Mixed-effects ARX model identification of dynamical systems. 25th Meeting of the Population Approach Group in Europe, PAGE 2016, Jun 2016, Lisboa, Portugal. pp.PAGE 25 (2016) Abstr 5807. ⟨hal-01320594⟩
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Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Identification of dynamical biological systems based on mixed-effect models. 31st ACM Symposium on Applied Computing, Apr 2016, Pisa, Italy. ⟨hal-01205738⟩
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2015

Communication dans un congrès

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Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Identification de systèmes dynamiques à effets mixtes. XXVe Colloque GRETSI Traitement du Signal & des Images, GRETSI 2015, Sep 2015, Lyon, France. ⟨hal-01203714⟩
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Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Identification of dynamical biological systems based on random effects models. 37th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, EMBC 2015, Aug 2015, Milan, Italy. ⟨hal-01159193⟩
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Poster

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Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Classification des réponses de cellules cancéreuses fondée sur l’analyse de signaux d’impédancemétrie cellulaire. Congrès Chimiométrie XVI, Jan 2015, Genève, Suisse. ⟨hal-01150816⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01150816/file/Poster2.pdf BibTex

Publications

2018

Journal articles

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Lévy Batista, Thierry Bastogne, Annie Delaunois, Jean-Pierre Valentin, Franck Atienzar. A novel statistical signal processing method to estimate effects of compounds on contractility of cardiomyocytes using impedance assays. Biomedical Signal Processing and Control, Elsevier, 2018, 45, pp.202-212. ⟨10.1016/j.bspc.2018.05.038⟩. ⟨hal-01621227⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01621227/file/BSPC_UCB12.pdf BibTex

Patents

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Thierry Bastogne, Levy Batista, Bruno Chenuel, El-Hadi Djermoune, Pauline Guyot. Procédé d'obtention d'une mesure de référence normale personnalisée de l'activité respiratoire d'un sujet et appareil de détection personnalisée de la respiration de Cheyne-Stokes. France, N° de brevet: FR3080984A1. BioSiS; BIGS. 2018. ⟨hal-02410731⟩
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2017

Conference papers

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Pauline Guyot, Levy Batista, El-Hadi Djermoune, Jean-Marie Moureaux, Leo Doerr, et al.. Comparison of compression solutions for impedance and field potential signals of cardiomyocytes. Computing in Cardiology, CinC 2017, Sep 2017, Rennes, France. ⟨hal-01544642⟩
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Pauline Guyot, Pascal Voiriot, Stéphane Papelier, Levy Batista, Thierry Bastogne. A comparison of methods for delineation of wave boundaries in 12 Lead ECG. Safety Pharmacology Society 2017 Annual Meeting, SPS 2017, Sep 2017, Berlin, Germany. ⟨hal-01669454⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01669454/file/Poster_SPS_Cardiabase_Cybernano.pdf BibTex
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Liang Guo, Mike Furniss, Levy Batista, Thierry Bastogne, Yan Zhuge, et al.. Assessing functional and structural cardiotoxicity in cultured human iPSC-cardiomyocytes in a single plate format. Safety Pharmacology Society 2017 Annual Meeting, SPS 2017, Sep 2017, Berlin, Germany. ⟨hal-01669498⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01669498/file/2017%20SPS_LG%20Final.pdf BibTex
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Levy Batista, Thierry Bastogne, Franck Atienzar, Annie Delaunois, Jean-Pierre Valentin. A data-driven modeling method to analyze cardiomyocyte impedance data. Safety Pharmacology Society 2017 Annual Meeting, SPS 2017, Sep 2017, Berlin, Germany. ⟨hal-01670012⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01670012/file/Poster_SPS_UCB-Cardio_v1.pdf BibTex
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Levy Batista, Bérangère Bastien, Thierry Bastogne, Philippe Erbs, Johann Folope. Analysis of in vivo responses by mixed-effect models. 8th International Meeting on Statistical Methods in Biopharmacy, SMB 2017, Sep 2017, Paris, France. ⟨hal-01544653⟩
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BibTex
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Levy Batista, Yaël Kolasa, Thierry Bastogne. i-Cellulo: a SaaS platform for the automatic statistical analysis of cell impedance signals. 8th International Meeting on Statistical Methods in Biopharmacy, SMB 2017, Sep 2017, Paris, France. ⟨hal-01670076⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01670076/file/Poster_SMB_i-Cellulo_v1_landscape.pdf BibTex
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Levy Batista, Bérangère Bastien, Thierry Bastogne, Johann Foloppe, Philippe Erbs. Analysis of in vivo responses by mixed-effect models reference. 8th International Meeting on Statistical Methods in Biopharmacy, SMB 2017, Sep 2017, Paris, France. ⟨hal-01670100⟩
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Levy Batista, El-Hadi Djermoune, Thierry Bastogne. Identification of dynamical systems population described by a mixed effect ARX model structure. 20th IFAC World Congress, IFAC 2017, Jul 2017, Toulouse, France. ⟨hal-01544656⟩
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Poster communications

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Levy Batista, Leo Doerr, Matthias Beckler, Niels Fertig, Thierry Bastogne. Coupled impedance & field potential data analysis of in vitro cardiomyocyte assays. Safety Pharmacology Society 2017 Annual Meeting, SPS 2017, Sep 2017, Berlin, Germany. 2017. ⟨hal-01669436⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01669436/file/Poster_SPS_Nanion_Cybernano_Cardio_v2.pdf BibTex

2016

Conference papers

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Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Mixed-effects ARX model identification of dynamical systems. 25th Meeting of the Population Approach Group in Europe, PAGE 2016, Jun 2016, Lisboa, Portugal. pp.PAGE 25 (2016) Abstr 5807. ⟨hal-01320594⟩
Accès au bibtex
BibTex
ref_biblio
Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Identification of dynamical biological systems based on mixed-effect models. 31st ACM Symposium on Applied Computing, Apr 2016, Pisa, Italy. ⟨hal-01205738⟩
Accès au bibtex
BibTex

2015

Conference papers

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Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Identification de systèmes dynamiques à effets mixtes. XXVe Colloque GRETSI Traitement du Signal & des Images, GRETSI 2015, Sep 2015, Lyon, France. ⟨hal-01203714⟩
Accès au bibtex
BibTex
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Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Identification of dynamical biological systems based on random effects models. 37th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, EMBC 2015, Aug 2015, Milan, Italy. ⟨hal-01159193⟩
Accès au bibtex
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Poster communications

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Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Classification des réponses de cellules cancéreuses fondée sur l’analyse de signaux d’impédancemétrie cellulaire. Congrès Chimiométrie XVI, Jan 2015, Genève, Suisse. ⟨hal-01150816⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01150816/file/Poster2.pdf BibTex
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