Profil - Levy

Curiculum vitae

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Contact

Levy BATISTA
31 ans
Nancy - France
moc.atsitabyvel@yvel

Contact

Levy BATISTA
31 years old
Nancy - France
moc.atsitabyvel@yvel

Profession

Ingénieur de recherche et Docteur

Depuis Novembre 2014

CYBERnano : CRO en analyse numérique de données biologiques.
CRAN : Thèse en identification de systèmes dynamiques au sein du centre de recherche en automatique de Nancy - Université de Lorraine - Soutenue en Décembre 2017

Profession

Research Engineer and PhD

Since November 2014

CYBERnano : CRO in digital analysis of biological data.
CRAN : Thesis in system identification in the laboratory : centre de recherche en automatique de Nancy - Université de Lorraine - Defended in December 2017

Domaines de compétences

Identification de modèles à effets mixtes

Modélisation avec une approche dite de population avec prise en compte d'effets fixes et d'effets aléatoires
Maîtrise en profondeur des algorithmes EM (Expectation Maximisation) et SAEM (Stochastic Approximation Expectation Maximisation) pour l'estimation des paramètres individuels, de population et leurs incertitudes
Tests statistiques pour la comparaison de groupes

Identification des systèmes dynamiques

Formulation et estimation des paramètres liant les données d’entrée/sortie expérimentales
Modélisation de type boîte noire ou boîte grise avec incorporation de connaissances sur la physique du système
Maîtrise de l’ensemble des boîtes à outils Matlab d’identification : SID et CONTSID

Traitement de signal

Extraction de l’information de signaux temporels continus ou discrets
Analyse spectrale paramétrique, non-paramétrique
Estimation des paramètres de modèle type AR, MA, ARMA

Bio-automatique

Modélisation et contrôle des systèmes biologiques sous l’angle de la théorie des systèmes
Implication dans les différents processus de la biologie integrative du plan d’experience, à la validation d’hypothèses en passant par l’analyse des données et la modélisation mathé- matique des phénomènes biologiques
UE de biologie suivie durant le M2, balayant chaque aspect de la biologie, biochimie, trans- duction du signal, métabolisme, et physiologie

Modélisation statistique

Maîtrise de l’estimation dans le cadre statistique classique (fréquentiste) et dans le cadre bayésien
Maîtrise d’interprétation énergétique (Moindres carrés) et interprétation probabiliste (Maxi- mum de vraisemblance)

Plan d’expériences et analyse de données expérimentales

Conception de séries d’expériences dans le but de déterminer les relations entre les facteurs et la réponse du système
Plans de criblage, pour trouver les facteurs influents parmis l’ensemble des facteurs en un minimum d’expérience
Plan pour l’analyse des effets et modèles de surface de réponse

Optimisation

Maîtrise de l’optimisation Statique contrainte ou non contrainte, ainsi que le cas des pro- blèmes convexes ou discrets
Maîtrise de l’optimisation dynamique, programmation dynamique

Ingénierie système

L'ingénierie système permet une vision transdisciplinaire synthétique et globalisante des systèmes
Interopérabilité collaborative avec les ingénieries spécialistes
Maîtrise du cycle en V de l’analyse du besoin au retrait du service

Compétences téchniques

Shiny

In-Design

git

Français

Illustrator

HTML

Arduino

Premiere Pro

English

Photoshop

Javascript

NodeJS

C++

PHP

After Effect

CSS

Final Cut Pro

Latex

MYSQL

Matlab

Objective-C

Field of competence

Dynamic system identification

Determination and estimation of parameters linking the input to the output
Blackbox or greybox modeling integrating physics knowledge on the system
Use of identification tools such as : Matlab toolbox SID and CONTSID

Signal processing

Extraction of information from continuous or discret signals
Parametric or non-parametric spectral analysis
AR, MA, ARMA parameter estimation

Bio-automatic

Modeling and control of biologic systems
Enrollment in the process of integrative biology
Biology courses during my master degree to sweep biology from biochemistry, to physiology

Statistic modeling

Estimating process in the framework of classical statistique (frequentist) and in the bayesian framework
Energy of error minimisation (Least squares) and likelihood maximisation

Design of experiments

Planning a minimum of experiments allowing to define the relationship between inputs and outputs
Screening plan in order to find influential factors
Effect analysis plan et surface response models

Optimisation

Static optimization with or without constraint, convexe problems and discret problems
Dynamic optimization, and dynamic programmation

System engineering

System engineering allows a transdisciplinary and overall vision of systems
Interoperability collaborative with specialist engineers
Knowledge of the V cycle from need analysis to retirement

Mixed effects model identification

Population approach modelling with fixed effects and random effects
Deep understanding of EM (Expectation Maximisation) and SAEM (Stochastic Approximation Expectation Maximisation) algorithms for estimation of individual parameters, population parameter and their uncertainty
Statistical test for group comparaison

Technical skills

C++

MYSQL

git

Premiere Pro

Objective-C

HTML

Photoshop

After Effect

English

Illustrator

Final Cut Pro

In-Design

PHP

CSS

NodeJS

Français

Arduino

Javascript

Latex

Shiny

Matlab

Formation

Doctorat Automatique, Traitement du Signal et des Images, Génie Informatique

Identification de système dynamiques linéaire à effets mixtes
Soutenue en Décembre 2017

Master (ISC) Ingénierie des systèmes complexes

Parcours : Formation à la carte en Recherche Domaines : Identification, traitement de signal, biologie
Projet : Méthodes d’identification dédiées à l’analyse de réponses d’impédance cellulaires Tuteur : Thierry Bastogne Labo. d’accueil : CRAN - SBS

Formation

PhD Automatique, Traitement du Signal et des Images, Génie Informatique

Dynamical linear mixed effects model identification
Defended in December 2017

Master degree (ISC) System Engineering

Research training Fields : System identification, Signal processing, biology
Project : Identification of cell response by impedance measurement Tutor : Thierry Bastogne Lab. : CRAN - SBS

Expérience professionnelle

Stagiaire technicien supérieur en électronique et informatique

E.C.M, Brabois-Nancy, France - mars - juin 2011

Développement d’une plateforme de test simulant un trafic routier en générant des signaux électriques imitant le comportement de capteurs piezo-électriques

Job d’été technicien chauffagiste,

E.G.S.M, Sarreguemine, France - juillet - aout 2010

Entretien, Installation, Dépannage de chaudières et chauffes-eau

Job d’été en reprographie

C.M.S copy multi service, Brabois, France - juillet - aout 2009

Tirage de plans, Edition de dossiers d’appel d’offre, Livraison

Job d’été Plaquiste

- juillet - aout 2007 – juillet - aout 2008

Cloisonnement et Disposition des éléments de cloisons sèches

Professional experience

Internship as a technician in electronic and informatique

E.C.M, Brabois-Nancy, France - march - june 2011

Development of a benchmark for testing trafic jam recording machine working with piezo-electrics sensors.

Summer job as heating installer

E.G.S.M, Sarreguemine, France - july - august 2010

Maintenance, Instalation, troubleshooting of boiler

Summer job in reprography

C.M.S copy multi service, Brabois, France - july - august 2009

Plan printing and delivery

Summer job, plasterer

- july - august 2007 – july - august 2008

Partitioning Layout and bulkhead fitting

Publications

2020

Communication dans un congrès

ref_biblio: Levy Batista, Mathieu Milhem, Thierry Bastogne, Fabien Clanché, Gabin Personeni, et al.. A data-driven classification solution for the timed-up and go test in risk falling assessment. EMBC 2020 - 42nd Engineering in Medicine and Biology Conference, Jul 2020, Montréal, Canada. ⟨hal-02568440⟩
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2018

Article dans une revue

ref_biblio: Lévy Batista, Thierry Bastogne, Annie Delaunois, Jean-Pierre Valentin, Franck Atienzar. A novel statistical signal processing method to estimate effects of compounds on contractility of cardiomyocytes using impedance assays. Biomedical Signal Processing and Control, Elsevier, 2018, 45, pp.202-212. ⟨10.1016/j.bspc.2018.05.038⟩. ⟨hal-01621227⟩
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Brevet

ref_biblio: Thierry Bastogne, Levy Batista, Bruno Chenuel, El-Hadi Djermoune, Pauline Guyot. Procédé d'obtention d'une mesure de référence normale personnalisée de l'activité respiratoire d'un sujet et appareil de détection personnalisée de la respiration de Cheyne-Stokes. France, N° de brevet: FR3080984A1. BioSiS; BIGS. 2018. ⟨hal-02410731⟩
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2017

Communication dans un congrès

ref_biblio: Levy Batista, Leo Doerr, Matthias Beckler, Niels Fertig, Thierry Bastogne. Coupled impedance & field potential data analysis of in vitro cardiomyocyte assays. Safety Pharmacology Society 2017 Annual Meeting, SPS 2017, Sep 2017, Berlin, Germany. ⟨hal-01669436⟩
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ref_biblio: Liang Guo, Mike Furniss, Levy Batista, Thierry Bastogne, Yan Zhuge, et al.. Assessing functional and structural cardiotoxicity in cultured human iPSC-cardiomyocytes in a single plate format. Safety Pharmacology Society 2017 Annual Meeting, SPS 2017, Sep 2017, Berlin, Germany. ⟨hal-01669498⟩
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ref_biblio: Pauline Guyot, Levy Batista, El-Hadi Djermoune, Jean-Marie Moureaux, Leo Doerr, et al.. Comparison of compression solutions for impedance and field potential signals of cardiomyocytes. Computing in Cardiology, CinC 2017, Sep 2017, Rennes, France. ⟨hal-01544642⟩
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ref_biblio: Pauline Guyot, Pascal Voiriot, Stéphane Papelier, Levy Batista, Thierry Bastogne. A comparison of methods for delineation of wave boundaries in 12 Lead ECG. Safety Pharmacology Society 2017 Annual Meeting, SPS 2017, Sep 2017, Berlin, Germany. ⟨hal-01669454⟩
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ref_biblio: Levy Batista, Thierry Bastogne, Franck Atienzar, Annie Delaunois, Jean-Pierre Valentin. A data-driven modeling method to analyze cardiomyocyte impedance data. Safety Pharmacology Society 2017 Annual Meeting, SPS 2017, Sep 2017, Berlin, Germany. ⟨hal-01670012⟩
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ref_biblio: Levy Batista, Bérangère Bastien, Thierry Bastogne, Philippe Erbs, Johann Folope. Analysis of in vivo responses by mixed-effect models. 8th International Meeting on Statistical Methods in Biopharmacy, SMB 2017, Sep 2017, Paris, France. ⟨hal-01544653⟩
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ref_biblio: Levy Batista, Bérangère Bastien, Thierry Bastogne, Johann Foloppe, Philippe Erbs. Analysis of in vivo responses by mixed-effect models reference. 8th International Meeting on Statistical Methods in Biopharmacy, SMB 2017, Sep 2017, Paris, France. ⟨hal-01670100⟩
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ref_biblio: Levy Batista, Yaël Kolasa, Thierry Bastogne. i-Cellulo: a SaaS platform for the automatic statistical analysis of cell impedance signals. 8th International Meeting on Statistical Methods in Biopharmacy, SMB 2017, Sep 2017, Paris, France. ⟨hal-01670076⟩
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ref_biblio: Levy Batista, El-Hadi Djermoune, Thierry Bastogne. Identification of dynamical systems population described by a mixed effect ARX model structure. 20th IFAC World Congress, IFAC 2017, Jul 2017, Toulouse, France. ⟨hal-01544656⟩
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2016

Communication dans un congrès

ref_biblio: Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Mixed-effects ARX model identification of dynamical systems. 25th Meeting of the Population Approach Group in Europe, PAGE 2016, Jun 2016, Lisboa, Portugal. pp.PAGE 25 (2016) Abstr 5807. ⟨hal-01320594⟩
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ref_biblio: Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Identification of dynamical biological systems based on mixed-effect models. 31st ACM Symposium on Applied Computing, Apr 2016, Pisa, Italy. ⟨hal-01205738⟩
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2015

Communication dans un congrès

ref_biblio: Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Identification de systèmes dynamiques à effets mixtes. XXVe Colloque GRETSI Traitement du Signal & des Images, GRETSI 2015, Sep 2015, Lyon, France. ⟨hal-01203714⟩
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ref_biblio: Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Identification of dynamical biological systems based on random effects models. 37th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, EMBC 2015, Aug 2015, Milan, Italy. ⟨hal-01159193⟩
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Poster

ref_biblio: Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Classification des réponses de cellules cancéreuses fondée sur l’analyse de signaux d’impédancemétrie cellulaire. Congrès Chimiométrie XVI, Jan 2015, Genève, Suisse. ⟨hal-01150816⟩
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Publications

2020

Conference papers

ref_biblio: Levy Batista, Mathieu Milhem, Thierry Bastogne, Fabien Clanché, Gabin Personeni, et al.. A data-driven classification solution for the timed-up and go test in risk falling assessment. EMBC 2020 - 42nd Engineering in Medicine and Biology Conference, Jul 2020, Montréal, Canada. ⟨hal-02568440⟩
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2018

Journal articles

ref_biblio: Lévy Batista, Thierry Bastogne, Annie Delaunois, Jean-Pierre Valentin, Franck Atienzar. A novel statistical signal processing method to estimate effects of compounds on contractility of cardiomyocytes using impedance assays. Biomedical Signal Processing and Control, Elsevier, 2018, 45, pp.202-212. ⟨10.1016/j.bspc.2018.05.038⟩. ⟨hal-01621227⟩
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Patents

ref_biblio: Thierry Bastogne, Levy Batista, Bruno Chenuel, El-Hadi Djermoune, Pauline Guyot. Procédé d'obtention d'une mesure de référence normale personnalisée de l'activité respiratoire d'un sujet et appareil de détection personnalisée de la respiration de Cheyne-Stokes. France, N° de brevet: FR3080984A1. BioSiS; BIGS. 2018. ⟨hal-02410731⟩
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2017

Conference papers

ref_biblio: Levy Batista, Leo Doerr, Matthias Beckler, Niels Fertig, Thierry Bastogne. Coupled impedance & field potential data analysis of in vitro cardiomyocyte assays. Safety Pharmacology Society 2017 Annual Meeting, SPS 2017, Sep 2017, Berlin, Germany. ⟨hal-01669436⟩
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ref_biblio: Liang Guo, Mike Furniss, Levy Batista, Thierry Bastogne, Yan Zhuge, et al.. Assessing functional and structural cardiotoxicity in cultured human iPSC-cardiomyocytes in a single plate format. Safety Pharmacology Society 2017 Annual Meeting, SPS 2017, Sep 2017, Berlin, Germany. ⟨hal-01669498⟩
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ref_biblio: Pauline Guyot, Levy Batista, El-Hadi Djermoune, Jean-Marie Moureaux, Leo Doerr, et al.. Comparison of compression solutions for impedance and field potential signals of cardiomyocytes. Computing in Cardiology, CinC 2017, Sep 2017, Rennes, France. ⟨hal-01544642⟩
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ref_biblio: Pauline Guyot, Pascal Voiriot, Stéphane Papelier, Levy Batista, Thierry Bastogne. A comparison of methods for delineation of wave boundaries in 12 Lead ECG. Safety Pharmacology Society 2017 Annual Meeting, SPS 2017, Sep 2017, Berlin, Germany. ⟨hal-01669454⟩
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ref_biblio: Levy Batista, Thierry Bastogne, Franck Atienzar, Annie Delaunois, Jean-Pierre Valentin. A data-driven modeling method to analyze cardiomyocyte impedance data. Safety Pharmacology Society 2017 Annual Meeting, SPS 2017, Sep 2017, Berlin, Germany. ⟨hal-01670012⟩
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ref_biblio: Levy Batista, Bérangère Bastien, Thierry Bastogne, Philippe Erbs, Johann Folope. Analysis of in vivo responses by mixed-effect models. 8th International Meeting on Statistical Methods in Biopharmacy, SMB 2017, Sep 2017, Paris, France. ⟨hal-01544653⟩
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ref_biblio: Levy Batista, Bérangère Bastien, Thierry Bastogne, Johann Foloppe, Philippe Erbs. Analysis of in vivo responses by mixed-effect models reference. 8th International Meeting on Statistical Methods in Biopharmacy, SMB 2017, Sep 2017, Paris, France. ⟨hal-01670100⟩
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ref_biblio: Levy Batista, Yaël Kolasa, Thierry Bastogne. i-Cellulo: a SaaS platform for the automatic statistical analysis of cell impedance signals. 8th International Meeting on Statistical Methods in Biopharmacy, SMB 2017, Sep 2017, Paris, France. ⟨hal-01670076⟩
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ref_biblio: Levy Batista, El-Hadi Djermoune, Thierry Bastogne. Identification of dynamical systems population described by a mixed effect ARX model structure. 20th IFAC World Congress, IFAC 2017, Jul 2017, Toulouse, France. ⟨hal-01544656⟩
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2016

Conference papers

ref_biblio: Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Mixed-effects ARX model identification of dynamical systems. 25th Meeting of the Population Approach Group in Europe, PAGE 2016, Jun 2016, Lisboa, Portugal. pp.PAGE 25 (2016) Abstr 5807. ⟨hal-01320594⟩
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ref_biblio: Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Identification of dynamical biological systems based on mixed-effect models. 31st ACM Symposium on Applied Computing, Apr 2016, Pisa, Italy. ⟨hal-01205738⟩
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2015

Conference papers

ref_biblio: Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Identification de systèmes dynamiques à effets mixtes. XXVe Colloque GRETSI Traitement du Signal & des Images, GRETSI 2015, Sep 2015, Lyon, France. ⟨hal-01203714⟩
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ref_biblio: Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Identification of dynamical biological systems based on random effects models. 37th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, EMBC 2015, Aug 2015, Milan, Italy. ⟨hal-01159193⟩
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Poster communications

ref_biblio: Levy Batista, Thierry Bastogne, El-Hadi Djermoune. Classification des réponses de cellules cancéreuses fondée sur l’analyse de signaux d’impédancemétrie cellulaire. Congrès Chimiométrie XVI, Jan 2015, Genève, Suisse. ⟨hal-01150816⟩
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